Физическая подготовка и спортивно-массовая работа в Академии организована в соответствии с Наставлением по физической подготовке в Вооруженных Силах Российской Федерации (НФП-2009), утвержденным приказом Министра обороны Российской Федерации 2009 г. № 200 (в редакции приказа Министра обороны Российской Федерации от 31 июля 2013 г. № 560).

Перечень спортивных сооружений и мест для занятий физической подготовкой в Академии соответствует нормативным требованиям для проведения учебных занятий.

В соответствии с «Программой развития Военно-медицинской академии на период до 2020 года» планируется строительство многофункционального спортивно-оздоровительного комплекса и современных полос препятствий. В 2014 году на территории общежитий построены новые спортивные городки для проведения утренней физической зарядки и занятий.