Согласно историческим источникам, аптека была основана в январе 1806 года.
Аптека была включена в штат медико-хирургической академии и снабжала лекарственными и другими средствами клиники академии. Одновременно аптека являлась учебной базой студентов академии «для приобретения навыка составлять лекарства в разных видах».
В разное время аптеками руководили немецкие и русские специалисты:
Иоганн Модель - немецкий аптекарь на русской службе долгое время был главным аптекарем Петербурга, главным аптекарем императорского двора и главным аптекарем Российской империи.
Иоганн Сиверс прославился тем, что во время экспедиции Медицинской коллегии по Сибири собрал богатый гербарий растений. В его честь названо полтора десятка видов растений.
В 1847 году с участием аптеки было произведено обеспечение группы медицинского состава академии, которая отбывала на Кавказ на войну с горцами. Великий хирург Николай Иванович Пирогов и его товарищи за два месяца провели более двух тысяч операций, из них более ста операций под эфирным наркозом. Эти события вошли в историю медицины, как первое в мире применение наркоза на поле боя.
Медико-хирургическую академию можно считать местом изобретения таблетки. В 1900 году приват-доцент кафедры фармации Лев Федорович Ильин выполнил экспериментальную часть диссертационной работы на степень доктора медицины «О спрессованных медикаментах или таблетах», в которой была обоснована технология изготовления таблеток, как лекарственной формы, а также требования к их качеству. Он доказал, что таблетки превосходят другие лекарственные формы по точности дозирования. Лев Федорович впервые ввёл понятие распадаемости таблеток, то есть способности лекарственной формы высвобождать фармакологически активные компоненты.
Во время Великой отечественной войны, в ноябре 1941 года академия была эвакуирована в Самарканд, а материальные средства аптеки переданы в аптеки эвакогоспиталей № 1117, 267, 87. В аптеке госпиталя работало всего пять человек и это был настоящий подвиг.
Несмотря на нечеловеческие условия, только за 1943 год фармацевтическим работникам Ленинградского фронта удалось изготовить почти 5,5 тысяч литров инфузионных растворов, более 12 тонн настоек, более 6,5 тонн мазей.
Приготавливали в аптеке академии и знаменитый хвойный витаминный настой, названный впоследствии «Ленинградским». Именно этот настой помог спасти миллионы ленинградцев в годы блокады от цинги, ведь других источников витамина С в Ленинграде все блокадные годы не было.
В 1983 году в штат аптеки была введена кислородная станция, и с этого времени небольшое подразделение круглосуточно обеспечивает клиники академии медицинским кислородом и другими медицинскими газами, а также сотрудники станции первыми приходят на помощь при аварийных ситуациях в работе кислородно-дыхательного оборудования.
В 2014 году была проведена реконструкция здания аптеки с перепланировкой помещений и полной заменой инженерных коммуникаций. По своей технической оснащённости аптека соответствует всем предъявляемым требованиям и является одной из самых современных как в нашем городе, так и в Министерстве обороны.
Пандемия СOVID-19 стала настоящей проверкой персонала аптеки на прочность. За три месяца с апреля по июнь из аптеки было выдано противовирусных препаратов - почти 9 тысяч упаковок, одноразовых халатов и защитных комбинезонов – более 25 тысяч, масок и респираторов – почти 120 тысяч, изготовлено и выдано дезинфекционных растворов, изготовленных в аптеке – почти 5 тонн.
В 2017 и 2019 годах аптека Военно-медицинской академии признавалась победителем конкурсов «Лучшая аптека Санкт-Петербурга», проведенных Фармацевтической ассоциацией Санкт-Петербурга в номинации «Аптека медицинской организации».